El área de Investigación Educativa del CFIE es la encargada de elaborar y operar el Programa de Fomento a la Investigación Educativa además de elaborar propuestas sobre los objetivos, políticas, procedimientos y estrategias para la integración de los proyectos de Investigación Educativa en el Instituto; desarrollando la metodología y herramientas para la detección de necesidades colaborando con la Secretaría de Investigación y Posgrado en lo concerniente a la investigación educativa. Algunas de sus funciones son:

• Proponer, organizar y programar acciones formativas encaminadas a la Investigación Educativa.
• Coordinar la participación de estudiantes en el Programa Institucional de Formación de Investigadores (PIFI) en el Centro.
• Promover y participar en la operación de Redes de Colaboración con áreas internas y externas al Instituto, para impulsar la creación de ambientes propicios a la Investigación Educativa.