El área de Formación del CFIE es la encargada de coordinar el Programa Integral de Formación, Capacitación y Actualización  de Directivos, Docentes y Personal de Apoyo y Asistencia a la Educación del Instituto en el marco del Modelo Educativo y de Integración Social además de organizar y supervisar los procesos de actualización del Programa Integral de Formación, Capacitación y Actualización de Directivos, Docentes y Personal de Apoyo y Asistencia a la Educación del Instituto y proyectos de acciones formativas. Algunas de sus funciones son:

• Construir de manera coparticipativa con las direcciones de coordinación correspondientes el Programa de Formación, Capacitación y Actualización del Personal del Instituto.
• Supervisar el registro de las acciones formativas del personal del Instituto de acuerdo con los lineamientos establecidos correspondientes.
• Participar en la propuesta y desarrollo de los servicios de certificación de competencias del personal del Instituto con las diferentes direcciones de coordinación según corresponda.
• Supervisar la validación de acciones formativas generadas por el Centro de Formación e Innovación Educativa para el personal Directivo, Docente y de Apoyo y Asistencia a la Educación del Instituto y personal externo.
• Generar e instrumentar el Programa Anual Integral de Formación y Desarrollo del Personal del Centro.
• Integrar la oferta institucional  de Formación,  Capacitación y Actualización del capital humano.
• Promover acciones formativas en diversas modalidades y fortalecer el uso de las Tecnologías de  Información y Comunicaciones.
• Participar en los comités de revisión y reorientación de los programas de promoción, becas y estímulos del personal docente y de apoyo y asistencia a la educación.
• Promover que el personal de apoyo y asistencia a la educación concluya: primaria, secundaria y bachillerato; a través de convenios de colaboración intrainstitucional e interinstitucionales.
• Promover el establecimiento de convenios de intercambio con instituciones educativas nacionales y extranjeras, en apoyo a las acciones de formación para la innovación educativa.